Do chủ trương Pháp-Việt Đề huề, thỏa hiệp với thực dân Pháp nhằm giành quyền lợi về kinh tế, chính trị cho dân bản xứ tầng lớp trên, thiếu hẳn sự ủng hộ của đông đảo quần chúng và không có thực lực, đảng Lập Hiến nhanh chóng bị chính quyền chi phối. Năm 1930, đảng Lập Hiến ngừng hoạt động một cách lặng lẽ.

Mặt dù vậy, với quá trình hoạt động của mình, Nguyễn Phan Long vẫn là một nhà hoạt động chính trị xã hội có uy tín thời bấy giờ. Năm 1936, ông tham gia phong trào Đông Dương đại hội vận động dân chủ. Tuy nhiên, phong trào bị Pháp khủng bố trắng, ông bị cô lập một thời gian.

Ông bắt đầu chuyển hướng cổ súy nhiệt thành cho tinh thần của đạo Cao Đài trong nhiều bài báo của mình[2]. Thậm chí, trong năm 1936, ông còn giữ chức vụ Tổng trưởng Liên Hòa Tổng hội, một tổ chức nỗ lực thống nhất tổ chức giáo hội toàn đạo Cao Đài nhưng bất thành[3]. Tuy nhiên, ông không phải là tín đồ Cao Đài. Dù vậy, tên ông đã được nhắc đến trong quyển "Nhân vật Cao Đài giáo - quyển thứ nhất" của Đồng Tân, xuất bản năm 2006 ở Ôxtrâylia, trong đó viết về 33 nhân vật của Cao Đài giáo, cùng với một số người như Ngô Minh Chiêu, Lê Văn Trung, Phạm Công Tắc… Thậm chí, Huỳnh Tâm, tác giả quyển "Cao Đài dưới chế độ Cộng sản Việt Nam" còn khẳng định "Việt Minh đã nắm được những chuyên viên tôn giáo … như Nguyễn Phan Long, Cao Triều Phát và một số chi phái làm cộng sự viên cho Việt Minh…".